De 53-jarige keeperstrainer ging in de zomer van 2018 als assistent van Stijn Vreven bij Beerschot aan de slag. Voordien was hij ook al keeperstrainer bij STVV en Lierse. Het contract van Nys werd twee jaar geleden verlengd tot eind juni 2022, deze zomer komt er echter geen nieuw contractvoorstel.

Nys was jarenlang de steun en toeverlaat van doelman Mike Vanhamel. Ook voor de poulain van Nys, die tot januari kapitein was bij Beerschot, lijkt het verhaal op het Kiel voorbij.